在抗洪防病消毒时，常采用次氯酸钠溶液进行消毒，其杀菌作用与漂白粉基本相同。由于次氯酸钠在水中同样产生次氯酸，再在水中极易产生氧原子和氯原子，病原体蛋白受氧化和部分氯化作用而死亡。其消毒灭菌效果决定于溶液中的有效氯含量。由于生产次氯酸钠溶液的工艺流程及方法不同，次氯酸钠原液中有效氯含量常各不相同。若配制不当(因含量过高或过低）。可能会造成浪费药波或影响消毒效果。

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