次氯酸钠主要的作用方式是通过它的水解形成次氯酸，次氯酸再进一步分解形成新生态氧，新生态氧的极强氧化性使菌体和上的蛋白质等物质变性，从而致死病源微生物。其实，氯气消毒的原理也主要是以产生出次氯酸，然后释放出新生态氧[O]的方式。
         次氯酸在杀菌、杀毒过程中，不仅可作用于细胞壁、外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可渗透入菌体内，与菌体蛋白、核酸、和酶等有机高分子发生氧化反应，从而杀死病原微生物。

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