含氯消毒剂的杀菌活性成份是次氯酸。次氯酸首先氧化细胞壁层成分，继而破坏细胞壁进入到细胞内，并继续氧化细胞内各种成分，使它们丧失生物学活性。活性氯对蛋白质的氯化作用的特点是与蛋白质可形成氮~氯复合物，使蛋白质变性，干扰细胞代谢而致死微生物。
　　次氯酸钠在水溶液中产生的次氯酸可分解出新生态氧，具有极强的氧化性，可与菌体成分包括病毒的核酸物质发生氧化作用而杀灭微生物。含氯消毒剂以有机氯铵类比较稳定，多数无机含氯消毒剂稳定性都比较差，不可长期储存。
　　所有含氯消毒剂都不同程度受溶液酸碱度的影响。碱性条件可降低氯的活化度，影响杀菌效果，但有利于稳定性;反之，酸性条件可增强氯的活性，提高杀菌效果，但不利于其稳定性。所以，含氯消毒剂一经稀释，稳定性亦下降。

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